Table 1

Polymorphic genes investigated, mutation sites, primers and primer sequences, PCR reaction conditions, restriction enzymes and control DNA used in this study
Gene
 Mutation
 Primers
 Primer Sequences
 PCR conditions
 Enzyme digest
 Control DNA
DHFR Primary
M1
M5
 5' TTTATGATGGAACAAGTCTGC3'
5' AGTATATACATCGCTAACAGA3'
 94°C-3 min, 94°C-1 min, 50°C-2 min, 72°C-2 min, ×40, 72°C-10 min, 4°C-hold

DHFR Nested
 N51I
 M3
F/
 5'TTTATGATGGAACAAGTCTGCGACGTT3'
5'AAATTCTTGATAAACAACGGAACCTttTA3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 TSP5091
 (+) K1

C59R
 F
M4
 5'GAAATGTAATTCCCTAGATATGGAATATT3'
5'TTAATTTCCCAAGTAAAACTATTAGAGCTTC3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 XmnI
 (+) T9/96

S108N
 F
M4
 5'GAAATGTAATTCCCTAGATATGGAATATT3'
5'TTAATTTCCCAAGTAAAACTATTAGAGCTTC3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 Alu1
 (+) HB3
(+) T9/96
(+) FCR3

I164L
 M3
F/
 5'TTTATGATGGAACAAGTCTGCGACGTT3'
5'AAATTCTTGATAAACAACGGAACCTTTTA3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 DraI
 (+) V1/S (+) HB3
(+) DD2
DHPS Primary
R2
R/
 5' AACCTAAACGTGCTGTTCAA3'
5' AATTGTGTGATTTGTCCACAA3'
 94°C-3 min, 94°C-1 min, 50°C-2 min, 72°C-2 min, ×40, 72°C-10 min, 4°C-hold

DHPS Nested
 A437G
 K
K/
 5'TGCTAGTGTTATAGATATAGGATGAGcATC3'
5'CTATAACGAGGTATTGCATTTAATGCAAGAA3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 AvaII
 (+) K1
(+) FCR3

K540D
 K
K/
 5'TGCTAGTGTTATAGATATAGGATGAGCATC3'
5'CTATAACGAGGTATTGCATTTAATGCAAGAA3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 FokI
 (+) TN-1
(+) VIS
(+) W2

A581G
 L
L/
 5'ATAGGATACTATTTGATATTGGACCAGGATTCG3'
5'TATTACAACATTTTGATCATTCGCGCAACCGG3'
 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold
 BstUI
 (+) K1
(+) DD2

Source: Duraisingh et al. [21]; Foley et al. [48]

Mbugi et al. Malaria Journal 2006 5:94   doi:10.1186/1475-2875-5-94